A Prefeitura Municipal de Malta é constituída da seguinte estrutura administrativa:
 
a) Conselho Municipal de Assistência Social
b) Conselho Municipal de Alimentação Escolar
c) Conselho Municipal de Desenvolvimento Rural Sustentável
d) Conselho Municipal de Educação
e) Conselho Municipal de Saúde
 
a) Gabinete do Prefeito
b) Assessoria Jurídica
c) Assessoria de Comunicação
 
a) Secretaria Municipal de Administração
b) Secretária Municipal de Finanças, Planejamento e Gestão Fiscal
 
a) Secretaria Municipal de Agricultura, Abastecimento e Meio Ambiente
b) Secretaria Municipal de Assistência Social
c) Secretaria Municipal de Cultura, Esporte e Turismo
d) Secretaria Municipal de Educação
e) Secretaria Municipal de Infraestrutura e Recursos Hídricos
f) Secretaria Municipal de Saúde